I.e. III. században illír telepesek alapították Trogirt. Trogir kedvező adottságai miatt gyorsan fejlődésnek indult, ami szemet szúrt a szemközti földrészt uraló Római Birodalom előtt.
I.sz. I. században megjelentek a római csatahajók és a Római Birodalom részévé tették Trogirt. A Római Birodalom bukása után Trogir a Bizánci Birodalom része lett.
A Bizánci Birodalom után, a XI. században Trogir a Magyar Királyság része lett. A tatárjárás idején Trogir városában talált menedéket IV. Béla királyunk és a mai napig itt őrzik koronázási palástját.
A XV. és XVIII. század között velencei uralom következett Trogir életében. A Velencei Köztársaságot Napóleon űzte ki a városból, őt pedig a Habsburg Monarchia.
A második világháborút követően Jugoszláviához csatolják, végül 1991-ben tért vissza az újonnan megalakuló Horvátországhoz.